O time já possuía uma base definida e com as contratações de Mineiro, Josué e Luizão o time ficou completo para a disputa de sua prioridade, a conquista da América. Com Emerson Leão no comando, o time adquiriu uma alma guerreira e um Campeonato Paulista sem maiores dificuldades. Mas Leão, inesperadamente, decide pedir demissão logo após o título e no meio da Libertadores. Para seu lugar foi chamado Paulo Autuori que continuou e até aperfeiçoou o trabalho anterior. Sob seu comando o time passou fácil por todos os competidores da América até chegar à final contra o Atlético Paranaense, a primeira disputada entre clubes de um mesmo país.[6]
Na final, realizada no estádio Beira-Rio por falta de capacidade na Arena da Baixada — eram exigidos 40 mil —, o tricolor conseguiu um empate em 1 a 1 e a decisão ficou para o Morumbi. Então, no dia 14 de julho de 2005, o São Paulo conquistou a América pela terceira vez e acaba com os fantasmas de 1994, quando o Vélez Sársfield evitou o tricampeonato. O segundo jogo foi bem mais fácil que o primeiro, com o São Paulo dominando o jogo desde o começo e abrindo o marcador no primeiro tempo. No segundo tempo o tricolor amplia o marcador e só para quando o jogo já está 4 a 0. A segunda maior goleada da Libertadores e o único time brasileiro três vezes campeão da América.[6]
Homenagem recebida da Federação Paulista de Futebol e do presidente Lula pela conquista do tricampeonato mundial. (Imagem: Ricardo Stuckert/PR)
Mais uma vez o time partiria para a conquista do mundo, dessa vez em um campeonato já organizado inteiramente pela FIFA. O primeiro adversário foi o saudita Al-Ittihad. Entre o grupo, havia o temor de perder e passar por um grande vexame e a mídia havia relatado um racha no grupo por causa do "bicho", algo que nunca ocorreu.[45]
Depois de algumas horas ficou decidido o que todos já esperavam, o adversário da grande final seria o britânico Liverpool e o São Paulo era novamente o azarão. O goleiro do time inglês não sofria um gol havia 11 partidas.[49] Rogério Ceni, já ídolo do clube, jogou a partida final com um dedo machucado e com um problema no menisco medial.[45] Em um jogo muito corrido o time inglês apertou o São Paulo nas bolas aéreas e nos lançamentos enquanto que o tricolor fez um jogo defensivamente perfeito e ainda fez um gol.[49] Assim, o time conquista a vitória pelo placar simples com o gol de Mineiro, as defesas de Rogério e a entrega e garra do time.[45] O time tricampeão é mais guerreiro, valente e menos talentoso que o time do bicampeonato de 92 e 93, mas não menos merecedor pois conquistaram um campeonato com mais facilidade que o épico time de 1992.[49]
Nesse mesmo ano, em 16 de julho, foi inaugurado o Centro de Formação de Atletas Presidente Laudo Natel, também conhecido como CFA de Cotia, CT de Cotia ou ainda simplesmente como CFA e que é localizado em Cotia, região Metropolitana de São Paulo. Foi construído para oferecer uma infraestrutura de primeiro mundo para a formação das categorias de base do clube que incluem o infantil, juvenil e júnior (sub-15, sub-17 e sub-20).[50]
Jogo do Campeonato Brasileiro contra o Juventude em que o São Paulo obteve um dos maiores públicos do certame. (Imagem: Jose Luis Pedroso)
Depois disso foi inevitável um desmanche no time campeão. Mas poucas peças foram perdidas, uma das mais importantes perdidas foi o lateral Cicinho, porém ele foi substituído à altura por Ilsinho. O time continuava sob a batuta de Rogério Ceni e o técnico agora era Muricy Ramalho. Depois dos vice-campeonatos do Paulista, Libertadores e Recopa, o time colocou o Brasileiro de 2006 como prioridade e única salvação na temporada. E deu certo. O time esteve na ponta da tabela por quase todo o campeonato, teve o melhor ataque, a melhor defesa e terminou com nove pontos a mais que o segundo colocado. O jogo que garantiu o título — o primeiro conquistado na era dos pontos corridos — foi, como nos campeonatos anteriores, um empate, dessa vez por 1 a 1 contra o Atlético Paranaense na antepenúltima rodada. Os destaques da campanha foram Rogério Ceni, que liderou o time, conquistou o campeonato que faltava em sua galeria e de quebra tornou-se o goleiro com mais gols no mundo inteiro, e a torcida, que compareceu em peso ao Morumbi. Com o título brasileiro de 2006 o São Paulo manteve a escrita de ganhar um brasileiro a cada década.[51]
Em 18 de outubro de 2006 foi sancionada na cidade de São Paulo a lei n.º 14 229 de 11 de outubro do mesmo ano e cujo projeto de lei era de n.º 648 de 2005 na qual fica definido que no dia 16 de dezembro de cada ano será comemorado o "Dia Tricolor" homenageando, dessa maneira, a data de refundação do clube.[52][53]
Choque Rei que culminou com a vitória tricolor por 1 a 0. (Imagem: vitor cheregati)
Em 2007 novamente titulares foram perdidos e novamente o time começa sendo eliminado nos campeonatos Paulista e Libertadores. Mais uma vez Muricy sofre pressão para sair do time, mas graças a presidente Juvenal Juvêncio continua no cargo. O início no Brasileirão de 2007 foi cambaleante, graças também à eliminação da Libertadores, mas o tricolor embalou e ainda no primeiro turno já estava em primeiro lugar. A sequência de vitórias foi tão boa que o clube ficou sem perder por 16 jogos, destes, 14 vitórias. Ficou também exatos 688 minutos sem levar um gol sequer pelo certame durante nove jogos. O São Paulo revelou também algumas peças, tais como Hernanes e Breno. O jogo do título teve um sabor diferente, foi solto com uma vitória. O clube precisava apenas de um empate contra o América do Rio Grande do Norte, mas tratou de fazer 3 a 0. Com esse título e mesmo passando por turbulências no ano, o técnico Muricy Ramalho entra para a história como um dos técnicos bicampeões brasileiros.[54]
Nesse mesmo ano o clube começa a colocar em prática o projeto de uma área no estádio do Morumbi e chamada Morumbi Concept Hall destinada a aumentar a circulação de pessoas, fortalecer a marca do time e aumentar a receita em dias em que não há jogos no estádio, aumentando, assim, as opções de entretenimento, negócios e lazer para os paulistanos e turistas.[55]
Como primeiro passo dessa empreitada, o clube lançou a Rbk Concept Store, inaugurada no dia 27 de agosto de 2007. Com 700 metros quadrados, a megaloja é a maior sediada em um estádio na América Latina e conta também com um camarote VIP para os dias de jogos.[56]
Rogério Ceni, o líder do time tricampeão mundial e hexacampeão brasileiro. (Imagem: Ricardo Stuckert/PR)
O ano passou e 2008 se desenhava como o anterior, o time fora eliminado no Paulista e Libertadores e sobrou o Campeonato Brasileiro de 2008, mais uma vez, para tentar uma redenção. O problema é que dessa vez o time demorou muito a engrenar e na abertura do segundo turno, o líder Grêmio havia aberto 11 pontos de vantagem em relação ao tricolor. Mas o clube não é conhecido como "time de chegada" à toa. No segundo turno o time fez um pacto para angariar mais um título, o primeiro tricampeonato do clube. Saiu ganhando de todos os adversários diretos e fez uma sequência de 16 jogos sem derrota. O time de 2008 teve mais a cara de Muricy, mas Rogério Ceni, mais uma vez foi o líder do time.[57]
O jogo final, dessa vez, aconteceu na última rodada do certame contra o Goiás em um momento turbulento. Tudo porque, às vésperas da partida decisiva em que ao tricolor bastava um empate, Marco Pólo Del Nero, presidente da FPF, aconselhado por um promotor do GAECO, entrou em contato com a Confederação Brasileira de Futebol, CBF, para avisar ao seu presidente Ricardo Teixeira de que um envelope endereçado ao árbitro da fatídica partida, Wagner Tardelli, teria sido enviado pelo São Paulo, como tentativa de suborná-lo.[58]
Ao saber dessa informação a Comissão de Arbitragem, através de novo sorteio e para preservar a imagem do árbitro e do campeonato, trocou o árbitro do jogo decisivo. Após o ocorrido um inquérito foi instaurado pelo STJD para que os responsáveis fossem encontrados. Depois de analisado o caso ao dia 13 de fevereiro do ano seguinte, a CBF, o árbitro e o São Paulo foram considerados inocentes da acusação de suborno ao árbitro por não terem sido encontradas provas e um novo inquérito foi instaurado para analisar a conduta da federação e de seu presidente no caso.[58] Após o julgamento no dia 4 de março, a FPF foi obrigada a pagar multa de 10 mil reais e o presidente foi afastado por 90 dias por oferecer queixa infundada.[59]
Portanto, mesmo que tudo tenha sido esclarecido posteriormente, o jogo foi sob forte polêmica nos bastidores, mas os jogadores entraram centrados na partida decisiva. O gol que sacramentou do título veio pelos pés do impedido Borges, 1 a 0 em um jogo que, mesmo sem o tento, daria o título ao Tricolor do Morumbi. O clube conquistou com essa vitória, o inédito tricampeonato brasileiro, além do hexacampeonato, nenhum outro time ganhou tanto no futebol brasileiro.[57]
