A década de 1960 foi marcada pelo Santos de Pelé, que conquistou quase tudo que disputou. Não bastasse isso, o São Paulo ainda estava com seu estádio inacabado.[6]
O clube não possuía mais dinheiro para a construção, e uma solução foi inaugurar o estádio antes de terminado, para que pudesse arrecadar com público e também com aluguel para outros clubes.[6] Assim, ao dia 2 de outubro de 1960, sob os olhares de 64 748 pessoas, o estádio Cícero Pompeu de Toledo foi inaugurado em um jogo contra o Sporting, de Portugal.[29]
Com o estádio em condições de receber jogos, o clube partiu novamente atrás de maneiras de conseguir mais dinheiro para sua conclusão. Conseguiu por vários meios, entre eles o Carnê Paulistão, uma espécie de bingo, criado pelo apresentador e torcedor do clube Hélio Setti, da Rede Excelsior de televisão. Ele sorteava prêmios pela televisão às pessoas que estivessem em dia com o pagamento dos carnês, num sistema parecido com o atual Baú da Felicidade.[6] Outras fontes utilizadas foram parcerias, permutas comerciais[30] e empréstimos financeiros,[26] além da venda dos títulos patrimoniais e sociais que serviram para alavancar verba para a finalização do estádio e para a construção da parte social.[31] Já quase no final da obra a prefeitura da capital propôs que se fizesse uma troca do novo estádio pelo estádio do Pacaembu, ao que Laudo Natel prontamente respondeu que "o sonho do são-paulino não cabe no estádio do Pacaembu".[30]
Por conta da construção do estádio, o clube teve seu maior jejum de títulos — conhecido no jargão futebolístico como "fila" — entre os períodos de 1957 e 1970, constituindo treze anos sem títulos expressivos. Nessa época o clube angariou os títulos da Taça dos Campeões Estaduais Rio-São Paulo em 1958, Pentagonal de Guadalajara (México) em 1960, Quadrangular de Cali (Colômbia) em 1960, Campeonato Paulista de Segundos Quadros em 1960 e 1962, Pequena Taça do Mundo (Venezuela) em 1963, Torneio Triangular de El Salvador (El Salvador) em 1964, Torneio de Firenze (Itália) em 1964 e Troféu Colombino Huelva (Espanha) em 1969, num total de nove títulos. Mesmo assim, o hiato de conquistas oficiais é o menor entre os rivais de estado.[6]
Se para o futebol o período não foi profícuo em títulos, para o pugilismo foi o que mais obteve destaque. Compreendida entre as décadas de 1940, 1950 e 1960, a era de ouro do pugilismo teve como pilar a Academia de Boxe das famílias Zumbano/Jofre, onde os atletas eram treinados em sua maioria por Aristides Kid Jofre, pai de Éder Jofre. Nessa época formou lutadores que se tronariam famosos e conquistariam títulos brasileiros, sul-americanos e mundiais. E foi justamente em 1960 que Éder Jofre conquistou seu primeiro título mundial pelo São Paulo, o de Pesos-Galos da Associação Mundial de Boxe, AMB. Após dois anos, em 1962, ele conquistou o Mundial de Pesos-Galos Unificado.[32]
